Ces lésions empêchent la transmission de l’influx visuel au cortex visuel : opacification cornéenne congénitale, cataracte congénitale, colobome oculaire, dégénérescence tapétorétinienne, albinisme, atrophie optique, rétinoblastome… et elles sont à l’origine de la survenue d’un strabisme. Ainsi, 90 % des cataractes congénitales unilatérales ou bilatérales présentent un strabisme associé.

Certaines anomalies cérébrales prédisposent au strabisme infantile, telles que les lésions du cortex pariéto-occipital et de la substance blanche sous-jacente, les hémorragies périventriculaires et intraventriculaires — la fréquence du strabisme augmentant de cinquante à cent fois — et d’autres lésions cérébrales moins spécifiques (tumeurs de la base, prématurité, trisomie 21).

Les lésions organiques congénitales ou acquises des muscles, des nerfs et noyaux oculomoteurs sont à l’origine de strabismes périphériques caractérisés par des impotences motrices : paralysie des III, IV ou VI, paralysie des deux élévateurs, syndrome de Brown, de Duane, myasthénies et myopathies, craniosténoses… Le diagnostic est le plus souvent facile mais il nécessite la réalisation d’une imagerie cérébro-orbitaire dont le résultat aidera également à la prise en charge thérapeutique.