Dans de très rares cas, les deux précédents peuvent s’associer.

Les cranio-sténoses se caractérisent par des fusions prématurées des sutures du crâne lors de la vie utérine, ce qui entraîne un risque d’hypertension intracrânienne lorsque plus d’une suture est atteinte. Sur le plan morphologique, il existe une déformation du front et des orbites lorsqu’une suture antérieure est synostosée, ce qui est observé dans la quasi-totalité des cas (sagittale, métopique, coronale). La prévalence globale est rare (1 pour 2 200 naissances, et certaines formes sont rarissimes : 1 pour 100 000 naissances pour les synostoses lambdoïdes isolées).

Lorsqu’une anomalie du développement facial est associée (essentiellement une rétrusion), on parle de facio-cranio-sténose, ce qui réalise un syndrome, le plus souvent causé par une mutation du gène codant le FGFR. Les facio-cranio-sténoses les plus fréquentes sont le syndrome de Crouzon, de Pfeiffer, de Saethre-Chotzen et d’Apert. Les caractéristiques morphologiques comprennent à des degrés variables un exorbitisme, un nez court, un hypertélorisme, une rétrusion maxillaire et une cranio-sténose dont la caractéristique est d’être évolutive lors de la croissance, alors qu’à la naissance le tableau clinique est souvent discret. L’existence de malformations des extrémités permet de classer avec certitude ces différentes malformations, avant les résultats de l’étude génétique.

Les fentes cranio-faciales sont encore plus rares et leur étiopathogénie découle plus d’analogies avec les fentes labio-maxillo-palatines bien mieux connues et auxquelles elles peuvent d’ailleurs être associées. Tessier (P.)P. Tessier a proposé une Classificationpour les fentes cranio-facialesclassification descriptive « orbitocentrique » pour les fentes cranio-faciales (0 à 14). Cette classification largement acceptée ne prend pas en compte l’importance du syndrome fissuraire qui peut aller du simple amincissement cutané à la fente totale incluant l’os, mais désigne avec précision les lignes de passage autour de l’orbite (l’orbite étant assimilé à un cadran horaire, les lignes étant appariées : 1–13, 2–12, 3–11, etc.). Certains auteurs (Van der Meulen) ont proposé une classification embryologique qui désigne toutes les fentes cranio-faciales sous le terme de « Dysplasiedysplasie ». Il faut distinguer à part les fentes médianes (0–14 selon Tessier) qui elles-mêmes se présentent sous deux aspects opposés : celles pour lesquelles il y a un amincissement médian des tissus, et celles qui représentent un élargissement des structures médianes. L’holoprosencéphalie et la dysplasie fronto-nasale représentent les extrêmes de ce continuum clinique. Plusieurs de ces fentes cranio-faciales peuvent s’associer, ajoutant à la complexité de la classification.