Les lésions sont habituellement segmentaires, asymétriques, séparées par des zones saines : ulcérations aphtoïdes, linéaires, superficielles ou profondes, pseudopolypes, sténoses inflammatoires ou cicatricielles, fistules.

La maladie de Crohn évolue par poussées.

Les signes cliniques digestifs en période aiguë sont : la diarrhée, des douleurs abdominales souvent localisées à la fosse iliaque droite avec parfois syndrome de Koening, de la fièvre, une altération de l’état général, un amaigrissement. Les manifestations anopérinéales sont parfois révélatrices. Il peut s’y associer des manifestations extra-intestinales, ostéoarticulaires (arthralgie, arthrite), cutanéomuqueuses, oculaires (uvéite), hépatobiliaires (cholangite).

Le diagnostic est clinique, biologique, endoscopique et sur l’imagerie, affirmé par l’existence de granulomes à la biopsie.

L’index CDAI (Crohn Disease Activity Index) permet de définir le stade.