4. Analyse du Phénotype – Relations avec L’environnement
La réalisation du phénotype moléculaire à partir du génotype nécessite la présence d’enzymes qui sont produites en deux étapes au cours de la synthèse des protéines.
Un organisme diploïde est un organisme où les chromosomes sont associés par paire (= chromosomes homologues).
Un organisme haploïde possède un seul exemplaire de chaque chromosome.
Les mutations germinales affectent les cellules reproductrices. Elles seront transmises à la descendance de l’individu si les cellules reproductrices porteuses de la mutation participent à la fécondation.
Les mutations somatiques affectent les cellules non reproductrices, elles ne sont pas transmises à la descendance. Mais elles peuvent engendrer des pathologies telles que les cancers car elles sont reproduites par mitose lors de la multiplication cellulaire dans le tissu.
Les termes « récessif » et « dominant » qualifient rigoureusement les phénotypes mais ils sont souvent utilisés, par abus de langage, pour définir les allèles.
Les hématies sont des cellules eucaryotes sans noyau, elles l’ont perdu au cours de leur maturation après avoir synthétisé les protéines nécessaires à leur fonctionnement.
1. Les différents niveaux d’analyse du phénotype
Le phénotype se définit comme l’ensemble des caractères observables d’un individu. L’observation peut se faire à plusieurs échelles permettant de définir un phénotype à chaque niveau.
Par convention d’écriture, le phénotype se note entre crochets ([]).
Les caractères observés à une échelle vont, en partie, déterminer les caractères observés à l’échelle suivante. Les différentes échelles, sont en partant du gène (le génotype) :
◗ le phénotype moléculaire : déterminé lors de la synthèse des protéines. La structure de la protéine synthétisée va déterminer sa fonction ;
◗ le phénotype cellulaire : défini par l’aspect du fonctionnement de la cellule ayant intégré la protéine synthétisée (aspect, forme, taille, productions cellulaires, etc.) ;
◗ le phénotype macroscopique : ce sont les symptômes visibles d’un caractère individuel ou d’une maladie (caractères morphologiques, anatomiques, état physiologique) ;
◗ le phénotype cellulaire : conduisant parfois à un phénotype biochimique (cas de la phénylcétonurie avec accumulation de phénylalanine dans le sang) qui détermine le phénotype macroscopique.
Le phénotype alternatif correspond aux différentes variations rencontrées pour un même caractère dans une espèce (exemples : couleur des yeux, des cheveux). Il repose sur le polyallélisme des gènes. Le phénotype morbide est le phénotype lié à la maladie en opposition au phénotype sain.
Le phénotype le plus couramment rencontré dans la nature est appelé phénotype sauvage ou normal.
2. Exemples d’analyse du phénotype
A. Drépanocytose
a. Génotype
La synthèse des chaînes protéiques de l’hémoglobine par les cellules de la moelle osseuse est gouvernée par 2 gènes différents : un gène pour la chaîne α et un gène pour la chaîne p. Les individus drépanocytaires et non drépanocytaires diffèrent par les allèles du gène qui dirige la synthèse des chaînes β. Allèles βA → phénotype non drépanocytaire, hémoglobine HbA, allèles βS → phénotype drépanocytaire, hémoglobine HbS (S pour sickle = faucille en anglais).
Individu sain : Hémoglobine A
Individu drépanocytaire : Hémoglobine S
b. Phénotype moléculaire
Enchaînement des premiers acides aminés des chaînes β. Hémoglobine A (individu sain) :
Hémoglobine S (individu drépanocytaire) :
HbA est une protéine soluble dans le cytoplasme des hématies. Sous sa forme oxygénée, HbS est soluble dans le cytoplasme des hématies. Alors que sous leur forme désoxygénée, les molécules HbS se fixent les unes aux autres et forment des fibres rigides, insolubles. Le changement réside dans la substitution de l’acide aminé glutamine (acide aminé hydrophile) par l’acide aminé valine (acide aminé hydrophobe) en 6e position de la séquence primaire.
c. Phénotype cellulaire
Deux types d’hématies d’aspect différent :
Fig. 4-1. |
Hématie normale. |
Fig. 4-2. |
Hématie falciforme. |
Les hématies sont des cellules spécialisées dans le transport du dioxygène. Elles ont la forme d’un disque biconcave. Elles se déplacent dans tous les vaisseaux sanguins et même dans les capillaires les plus fins, grâce à leur capacité à se déformer. Les hématies de malades atteints de drépanocytose ont une forme en faucille (hématies falciformes) et sont beaucoup plus rigides, ce qui empêche leur passage dans les capillaires et réduit l’irrigation des organes.
d. Phénotype clinique ou macroscopique
Le phénotype drépanocytaire est caractérisé par des individus montrant une anémie chronique due à la destruction des globules rouges contenant l’hémoglobine HbS. Les personnes atteintes présentent une faiblesse physique, des douleurs articulaires, des lésions aux organes, etc. Cette maladie héréditaire est très répandue dans les populations africaines.
B. Phénylcétonurie
a. Génotype
Séquence du gène codant pour une enzyme hépatique : la phénylalanine-hydroxy- lase (PAH). (Il existe plusieurs formes variantes de la phénylcétonurie, nous n’en présentons qu’une seule à titre d’exemple).
Individu sain :
Individu phénylcétonurique :
Phénotype moléculaire
PAH fonctionnelle (fragment) :
PAH non fonctionnelle (fragment) :
Chez des personnes non malades, la réaction chimique de conversion de la phény- lalanine en tyrosine est assurée grâce à une enzyme appelée PAH qui est un catalyseur biologique. L’enzyme PAH produite par les cellules du foie de l’individu phénylcétonurique est inactive.
c. Phénotype cellulaire
Les cellules hépatiques du phénylcétonurique ne savent pas transformer la phénylalanine en tyrosine.
d. Phénotype biochimique
Une accumulation de phénylalnine est mesurable dans tous les liquides de l’organisme (sang, lymphe, etc.) chez l’individu phénylcétonuriquue. (Taux de phénylalanine dans le sang = 15 à 60 mg/100 ml et dans les urines = 300 à 1 000 mg/ 100 ml.)
Chez l’individu sain, il n’y a pas d’accumulation de phénylalanine. (Taux de phénylalanine dans le sang = 1 à 2 mg/100 ml et dans les urines = 30 mg/100 ml.)
Un taux sanguin élevé de phénylalanine est toxique pour le système nerveux.
e. Phénotype macroscopique
Les individus phénylcétonuriques présentent une arriération mentale grave.
Dans les maternités, la phénylcétonurie est systématiquement dépistée (test de Guthrie). Un régime alimentaire dépourvu de phénylalanine pendant les 10 premières années de la vie permet d’éviter les troubles psychomoteurs.
C. Mucoviscidose
a. Génotype
Fragment du gène codant la protéine CFTR
Individu sain :
Individu malade :
Une délétion de 3 nucléotides est observée entre les deux séquences.
b. Phénotype moléculaire
La protéine CFTR est mise en cause dans la mucoviscidose. C’est une protéine insérée dans la membrane cytoplasmique des cellules épithéliales. Elle forme un canal perméable aux ions chlorure. Un flux d’ions chlorure est nécessaire pour assurer la production d’un mucus fluide.
Fragment de protéine d’un sujet sain :